Caros,
Tive um problema aqui onde trabalho, a responsável por infra pediu minha ajuda porque não estava conseguindo instalar o certificado digital e hoje a mesma duvida foi postada no MSDN, e vou postar aqui como resolver o problema.

O guia de instalação diz que você deve instalar o certificado usando o comando:

winhttpcertcfg.exe -g -c LOCALMACHINE\My -s “My Certificate” -a “NETWORK SERVICE”

Mas se percebermos, em momento algum é especificado qual é o arquivo PFX a ser utilizado, ou seja, basta mudar o comando para:

winhttpcertcfg.exe -g -c LOCAL_MACHINE\MY -a “NETWORK SERVICE” -i “ArquivoPFX.pfx”

No meu caso, eu ainda alterei o usuário para um do dominio, ai vai de cada um, usar o user que melhor atende, lembrando das diferenças dos nomes de usuários conforme a linguagem usada na instalação do Sistema Operacional.

[]s
Pichler